Parece que lo que quieres es la cuenta de la cuenta.

En tu imagen parece que el 23 de abril tienes 2 casos, y el 24 de abril tienes 1 caso más, así que la cuenta de enero resultante es de 3, que es lo que muestra tu tabla dinámica. ¿es eso lo que está haciendo? es decir, está contando, pero cuenta los datos originales, no cuenta el resumen de los datos.

Lo que entiendo que necesitas es contar cuántos días tienen un valor, y que el 23 de abril lo considere como 1, aunque ese día haya 2 valores.

Una tabla dinámica no puede tener un tipo de resumen para el detalle y otro distinto para el resumen del detalle, así que no puede mostrar 2 y 1 en el detalle, pero luego mostrar un 2 en el total de ese grupo, porque no sería coherente.

Sólo se me ocurre que añadas una columna auxiliar a tus datos que por ejemplo asigne valor 1 al primer dato de cada día y Cero al resto de datos de ese día, así la suma sería siempre 1 para cada día, y la suma total sería el número de días con datos.