en mi opinión, lo mejor es que cuando abras cada libro los asignes a una variable de objeto tipo Workbook, así puedes referirte al libro a través de esa variable.

la otra opción puede ser si conoces el nombre del libro.

puedes activar el libro con el método Activate

Workbooks("elnombredetulibro").Activate

para cerrarlo, lo mismo, has de indicar primero el objeto, en este caso tu libro, y luego lo que quieres hacer con él
Workbooks("elnombredetulibro").Close

para guardarlo, pues lo mismo.

en cualquier caso, comprueba paso a paso, porque algunas operaciones cambian el libro activo. por ejemplo si copias una hoja a un nuevo libro, ese nuevo libro se convierte en el activo. Simplemente tenlo en cuenta.

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Ya sé Excel, pero necesito más ahora en pdf